La llegada del entrenador alemán es un soplo de aire fresco en Lezama, y en su primera temporada al frente del club bilbaino, logra el octavo puesto y en su segunda temporada, la clasificación para la Copa de la UEFA, al conseguir un meritorio 5º puesto. El entrenador alemán decide abandonar el Club, al finalizar el contrato por dos años, que había firmado con el Athletic.

La llegada de Jose María Arrate a la presidencia supone el fichaje de Javier Irureta como entrenador del Athletic. "Jabo" no conecta con la afición de San Mamés y dimite mediada la temporada. Su sustituto, Jose María Amorrortu termina la temporada, e incluso en el último partido de Liga se juega la clasificación europea, aunque no se consigue.

La siguiente temporada es una de las más difíciles en la historia del Club bilbaino. En el verano de 1995, se produce el fichaje de Joseba Etxeberria por el Athletic. La junta directiva decidió hacer efectiva la cláusula de rescisión del jugador elgoibarrés, que ascendía a 550 Millones, e incorporarlo a las filas rojiblancas.

A las ordenes de Dragoslav Stepanovic, el Athletic está a punto de entrar en puestos de descenso, y sólo en la última jornada, con una agónica victoria ante el Rayo Vallecano en San Mamés por 3 goles a uno, se consigue la salvación. Tres goles de Kuko Ziganda, todos ellos a pase de Joseba Etxeberria salvan al Athletic.

La directiva echa el resto, y decide la contratación de Luis Fernández para la temporada 96/97, y acierta de pleno. Además el Club se hace con los servicios de Ismael Urzaiz, Jose Mari y Lizarazu.

La temporada es ilusionante, y no puede tener mejor final, ya que en la penúltima jornada se consigue la clasificación para la Copa de la UEFA. El Athletic sigue siendo un club comprador, y pese a contar conm las bajas de Karanka y Lizarazu, se refuerza con Alkorta y Ferreira que vuelven al Athletic, Lasa, Javi González, Nagore, Lacruz, y sobre todo Roberto Ríos, por el que el club bilbaino paga 2.000 millones de pesetas. Los esfuerzos de la directiva por hacer un equipo competitivo se ven recompensados, y el Athletic consigue clasificarse en el segundo puesto de la clasificación, y por lo tanto ganarse el derecho de participar en la siguiente edición de la Champions League, precisamente en el año en que se cumple el primer centenario del Athletic, en 1998. El Athletic llega a la última jornada de la temporada 97/98, dependiendo de si mismo. El último partido se celebra en San Mamés y el rival es el Zaragoza. Un gol de Joseba Etxeberria, da la victoria al Athletic y por lo tanto la clasificación para disputar la Champions League. Bilbao entera lo celebra por todo lo alto, y no es para menos.

Precisamente, durante todo este año 98, se celebraron varios actos de celebración del centenario. Pavarotti actúa en San Mamés, la selección de Brasil disputa un partido contra el Athletic en La Catedral, una caravana itinerante recorre todas las localidades vizcainas, y sobre todo se celebra un multitudinario congreso de Peñas en Bilbao, en el Parque de Etxebarria, en el que se juntan familias rojiblancas de todas las partes del mundo. El Athletic no podía haber celebrado de mejor manera su centenario. De nuevo se retornaba a la máxima competición continental, tras 14 años de espera.

La temporada 1998/99, es una campaña irregular. El equipo acusa en algunos momentos la participación en la Champions League, y su rendimiento en la Liga sufre algunos altibajos. Al final se ocupa la octava posición, pero se lucha hasta la última jornada por conseguir la clasificación para la UEFA. En la Copa del Rey el equipo es eliminado por el Racing de Santander, y en la Champions League, tras quedar encuadrado en un grupo complicado, con Juventus, Rosenborg y Galatasaray, cae eliminado, pero muestra un excelente nivel de juego. Empata en Turín, y sólo la falta de fortuna en algunos momentos impidió al equipo pasar a la siguiente ronda.

De nuevo una temporada sin participar en Europa y con el objetivo de volver cuanto antes. La pretemporada no puede empezar mejor. El Athletic vuelve al Torneo Colombino y tras eliminar al anfitrión, el Recreativo de Huelva, derrota al Málaga en la final y se trae para Bilbao uno de los trofeos más prestigiosos del verano. El equipo se refuerza con Roberto Martínez "Tiko" procedente de Osasuna y cede a Pablo Orbaiz al conjunto navarro, además de traspasar a Bolo al Rayo Vallecano. Es otra temporada irregular, con altibajos que acaban con el equipo en undécima posición. En Copa se cae ante el Rayo Vallecano tras perder en San Mamés por 0-1 y empatar a cero en Vallecas. Casi finalizada la competición de Liga, se toma la decisión de que al acabar la misma, abandone el banquillo Luis Fernández, pese a tener otro año de contrato. El técnico francés cumplía su cuarta temporada en el Athletic y su relevo iba a ser Txetxu Rojo, ex jugador del club e historia viva del mismo, además de Socio Distinguido del Athletic desde 1984.

La nueva temporada trae pocos cambios en la plantilla rojiblanca. Edu Alonso, Ferreira, Sívori, Nagore y José Mari dejan el Club y el único fichaje es Carlos Merino, proveniente del Notthingham Forest. Además dan el salto definitivo al primer equipo Fran Yeste y Dani Aranzubia y vuelve tras su cesión a Osasuna Pablo Orbaiz. La suerte no acompaña al equipo desde el principio, sobre todo en lo referente a las lesiones y se ocupa durante todo el ejercicio una posición intermedia en al tabla, para acabar en la decimosegunda posición. David Cuéllar, Asier Del Horno, y los ya citados Aranzubia, Merino y Orbaiz, fueron los debutantes esta temporada. En la Copa del Rey, tampoco se consigue pasar de octavos de final, y tras eliminar a Aurrerá de Vitoria y San Sebastián de los Reyes, se cae contra el Racing.

Quizás lo más reseñable de fue la decisión de Jose María Arrate de no presentarse a la reelección. Al final Javier Uría y Fernando Lamikiz, ambos directivos del club con anterioridad, se presentaron a la Presidencia del Club, siendo elegido el primero el 1 de junio, tras la jornada electoral celebrada en el Palacio de Ibaigane. El martes día 19, Jose María Arrate traspasó los poderes del Club al nuevo Presidente.